مکانیسم دقیق CCD هنوز روشن نیست. یک گزارش حاکی از وجود رابطه قوی اما غیر قطعی بین سندرم و وجود ویروس فلج حاد اسرائیلی می باشد. با وجود این سایر عوامل نیز ممکن است دخیل باشند و چندین مورد پیشنهاد شده است که عوامل مسبب این قضیه باشند؛
از این موارد می توان از سوء تغذیه، آفت کش ها، عوامل بیماری زا، کاهش دفاع ایمنی بدن، کنه ها، قارچ ها، محصولات اصلاح شده ژنتیکی (GM)،عملیات زنبورداری(مثل استفاده از آنتی بیوتیکها یا انتقال کندوها به مسافت های زیاد) و تشعشعات الکترومغناطیسی نام برد. اینکه آیا یک عامل یا مجموعه ای از عوامل در این امر دخالت دارند، هنوز نا معلوم است. علاوه براین هنوز معلوم نیست که آیا CCD حقیقتا یک پدیده جدید است یا اینکه یک پدیده شناخته شده قبلی است که قبلا ضرر کمتری می رساند.
در حال حاضر اولین منبع اطلاعاتی و گروه پیشتازی که روی این پدیده تحقیق می کند، “گروه کاری بیماری ناپدید شدن جمعیت کلنی” می باشد که در ابتدا در “دانشگاه ایالت پن” تشکیل شد. گزارش مقدماتی این گروه الگوهایی را خاطر نشان می سازند اما نتایج قوی از آنها بدست نمی آید. نتیجه یک نظر خواهی از زنبورداران در اوایل ۲۰۰۷ نشان می دهد اغلب زنبورداران آماتور اعتقاد دارند که گرسنگی علت عمده مرگ و میر کلنی های آنهاست؛
در حالیکه زنبورداران حرفه ای سرسختانه اعتقاد دارند که آفات(کنه های واروآ و تراشه ای زنبور عسل و یا سوسک کوچک کندو) علت اصلی مرگ و میر کلنی ها می باشند. همینطور یک بررسی آکادمیک در ژوئن ۲۰۰۷ تئوریها و عوامل احتمالی تاثیر گذار متعددی را مطرح کرد اما موضوع همچنان لاینحل باقی مانده است.
در جولای ۲۰۰۷، USDA طرح عملیلتی CCD خود را اعلام و استراتژی خاصی را برای شناسایی CCD اتخاذ نمود؛ این طرح دارای ۴ بخش است:
- بررسی و جمع آوری داده ها
- آنالیز نمونه ها
- بررسی فرضیه ها
- و پیشگیری و کاهش زیان ها
در سخنرانی های انجام شده در سمپوزیوم ملی تحت عنوان “بیماری ناپدیدشدن جمعیت کلنی های زنبور عسل” که در دسامبر ۲۰۰۷ برگزار شد و هم چنین در سمینار انجمن حشره شناسی آمریکا در سان دیه گودی کالیفرنیا هیچ اتفاق نظری حاصل نشد و هیچ علتی برای این بیماری تعریف نشد.
- فقر غذایی یا سوء تغذیه
یکی از موارد گزارش شده توسط گروه ایالت پن این بود که تمام تولید کنندگان در بررسی مقدماتی اظهار کرده اند که یک “استرس عجیب”تاثیر گذار روی کلنی های مشکوک قبل از مرگ آنها اتفاق می افتد که اغلب شامل فقر غذایی و یا خشکسالی می باشد.
این تنها وجه مشترکی بود که بین تمام موارد CCD گزارش شده وجود داشت؛ در نتیجه حداقل این احتمال وجود دارد که این پدیده در ارتباط با تنش تغذیه ای بوده و ممکن است در کلنی های خوب نگهداری شده و سالم بروز نکند.
این شبیه به یافته های یک بررسی مستقل دیگر است که در آن زنبورداری های کوچک(تا ۵۰۰ کلنی) در چندین ایالت معتقد بودند که سوء تغذیه و یا نگهداری کلنی های ضعیف مسئول مرگ کلنی هایشان، در بیش از ۵۰% موارد، بوده است؛ چه باور بر این باشد که تلفات به خاطر CCD است یا نه.
بعضی محققان سندرم را به تغذیه با شربت ذرت دارای فروکتوز زیاد(HFCS) به عنوان مکمل ذخیره زمستانی نسبت می دهند. مفسران اروپایی یک ارتباط احتمالی با HFCS حاصل از ذرت اصلاح شده ژنتیکی را پیشنهاد کرده اند. با وجود این اگر این تنها عامل تاثیر گذار باشد باید نتیجه گرفت که بروز CCD فقط در کلنی های زمستان گذران تغذیه شده با HFCS بروز نماید اما گزارشات CCD را بیشتر زنبوردارانی کرده اند که HFCS بکار نبرده اند.
- تئوری های پاتوژنی و ضعف دفاع ایمنی بدن
شیوع یک بیماری واگیر دار باعث تضعیف سیستم ایمنی می شود. براساس بررسی های انجام شده در ایالت پن، عوامل بیماریزای تشخیص داده شده در زنبوران بالغ متعدد بوده که دال بر بعضی انواع ضعف ایمنی است. محققان در ابتدا وجود ارتباطی بین آلودگی به کنه واروآ دستراکتور و CCD در این ایالت را پیشنهاد کردند و در نهایت به این نتیجه رسیدند که مجموعه ای از کنه های زیان آور برای زنبور، ویروس بال تغییر شکل یافته (که کنه ها ناقل آن هستند) و باکتری ها با هم همکاری کرده و سیستم ایمنی را مختل می نمایند؛ در نتیجه CCD حادث می شود. این گروه تحقیقی روی عوامل بیماری زای ویروسی، باکتریایی یا قارچی احتمالی که ممکن است دخیل باشند فوکوس کرده اند.
وقتی که یک کلنی به هر علتی تلف می گردد و در مجاورت آن تعداد زیادی کلنی سالم وجود دارد(همانطور که در یک زنبورستان بطور معمول دیده می شود) کلنی های سالم اغلب وارد کلنی های مرده شده و منابع غذایی آن را برای مصرف خودشان غارت می کنند. اگر ذخایر غذایی کلنی های مرده آلوده باشند(بوسیله عوامل بیماریزا یا سموم) کلنی های سالم نیز درگیر شده و ممکن است بیمار شوند.
زنبوردار در این زمان مشکوک می شود به اینکه یک بیماری مسری شیوع پیدا کرده است. با وجود این در CCD معمولا ذخایر کلنی های مرده مورد غارت قرار نمی گیرند در نتیجه حداقل این قسمت از مکانیسم (شیوع عوامل بیماریزا یا سموم در طی غارت) در مورد CCD صدق نمی کند.
یک بررسی نشان داده که کندوهای کلنی هایی که در اثر CCD تلف شده اند را تنها در صورتی می توان دوباره برای یک کلنی سالم استفاده کرد که با استفاده از اشعه تخریب کننده DNA تیمار شوند. این امر حاکی از آن است که CCD ممکن است یک بیماری مسری باشد.